Aunque el convento de la Merced parece existir desde el primer cuarto del s. XIV, las fechas de 1573, 1574 y 1590, que aparecen en tres escudos de la orden de la Merced situados en el interior de la Iglesia y claustro, nos indican que en estos años se debió renovar y construir gran parte del actual conjunto, coincidiendo probablemente con un momento de auge de la comunidad religiosa.
El edificio, originariamente formado por iglesia, claustro y zona conventual, se sitúa dentro de la ciudad, en la zona Oeste del recinto amurallado, formando con diversas construcciones una de las puertas de la misma. Su forma se adapta a la estructura urbana de Logroño como ciudad-camino, caracterizada por calles longitudinales en sentido Este-Oeste que dan lugar a manzanas alargadas, una de las cuales es ocupada por el conjunto conventual.
Durante los siglos XVI y XVII se suceden diversas obras de reforma y ampliación interior. El claustro parece ser de los años 1573, 1574. Del siglo XVII es la portada de la fachada Norte de la iglesia, fechada en 1685. El 1716 fue reconstruida la fachada sur, que estaba en ruinas, reforzándola con contrafuertes.
A consecuencia de la Guerra de la Independencia, tanto el edificio como sus ocupantes sufren diversas vicisitudes. Los frailes mercedarios vuelven a instalarse en él entre 1813 y 1820, año en que es convertido en cuartel del primer batallón del Regimiento de Jaén. Entre los años 1830 y 1845 sirve de Hospital Militar, Almacenes, Parque de Artillería... En 1844 sirvió de prisión ( de los hijos del General Zurbano, entre otros) con motivo del alzamiento militar. De 1847 a 1869 es ocupado por monjas carmelitas. El 26 de octubre de 1868, por Real Orden, el edificio se entrega al Ayuntamiento de Logroño en permuta con otros terrenos situados fuera del Casco. No obstante en 1872,con motivo de las guerras carlistas, vuelve a tener un destino militar, existiendo planos fechados en 1879 que describen las dependencias del conjunto conventual.
En 1889 se inician las gestiones -en el marco del convenio acordado entre el Gobierno y la Compañía arrendataria de Tabacos- para el establecimiento en el antiguo convento de la Merced de una Fábrica de Tabacos. Al éxito de estas gestiones contribuyó la presencia en la Dirección de la Compañía de D. Amós Salvador y Rodrigáñez, natural de Logroño, y la del político riojano D. Práxedes Mateo Sagasta en el Gobierno.
Bajo la dirección técnica del arquitecto D. Luis Barrón se llevaron a cabo fuertes reformas y ampliaciones del edificio para adecuarlo a las nuevas instalaciones que fueron inauguradas en junio de 1890. Con posterioridad se continuarían las reformas para aumentar la capacidad del conjunto para uso fabril.
En 1978 el edificio vuelve a ser propiedad municipal incluyéndose en la propuesta inicial del Plan Especial del Centro Histórico.
( Fuente: Rafael Alcoceba y Javier García. Memoria de la reforma de la
Tabacalera para Biblioteca Pública. 1987 ).